鹿耳門聖母廟,位於臺灣西南沿海、古臺江內海西緣北線尾嶼北邊之鹿耳門嶼上。十二世紀末葉(南宋1127-1279),福建沿海的漁民,已從聚居的澎湖來到臺灣西南沿海捕魚;時海神鹿耳門媽的神靈,隨著漁民的東來而駕臨鹿耳門嶼。十四世紀以後,北線尾已成為福建海商來來貿易的據點,十七世紀初葉,棲居北線尾與鹿耳門嶼的海面漁夫,即已築建草廟以奉祀天上聖母。草廟凡三落:前殿祀水仙尊王、中殿祀天上聖母、後殿祀佛祖,是為鹿耳門聖母廟之創建。
明永曆十五年(一六六一)四月,大明招討大將軍延平王鄭成功率軍自金門經澎湖東來,欲驅逐荷人進取臺灣,以作抗清復明之基地。當大軍開抵鹿耳門外時,以潮退水淺不得進港,鄭王命設香案禱告,祈求皇天列祖賜助潮水;並乘候潮之際,下小船登陸鹿耳門嶼踏勘營地,驀見聖母廟,乃入內焚香默禱,祈求鹿耳門媽顯靈庇佑。鄭王返艦後不久,潮水果較平時加漲,鄭軍戰艦遂得魚貫渡過天險鹿耳門港道,殲滅荷方水陸兩軍,大獲全勝,奠定驅荷開臺之基礎。明永曆十六年(一六六二)春。荷人投降離臺後,鄭成功開臺大業底定,為報鹿耳門媽顯靈相助之恩,乃大興土木重建神廟於登陸處。並增祀隨艦護軍之三尊聖母神像(信徒尊稱曰「國姓媽」)是為明鄭官建之首建鹿耳門聖母廟。
道光十一年(一八三一)七月十四日,一場大風雨,鹿耳門聖母廟為洪水所浸。廟基傾杞。三郊公局與鹿耳門村(今土城)居民護廟情殷,乃立「淇水豹」神碑於廟埕,藉以鎮水;又將鹿耳門媽暨所有神像百餘尊,暫時疏遷於三郊所屬的鎮港海安官,是謂「海安宮寄佛」。
民國二年(一九一三)夏,福建泉州富美宮放送一艘五府(李、池、吳、朱。范)王船東來,七月中,王船飄至鹿耳門港仔西之西平湖,土城仔漁民發現後,以乏力奉祀,乃將王船推向外海,冀其轉往他方。翌日王船又飄回原處,漁民再往外推。如是三進三推,至第四天夜,船上鼓樂大作、燈火輝煌,漁民睹狀大驚,不敢再推。時土城仔奉祀的文館三媽乩示:五府王爺係應鹿耳門媽之聘而來,宜以大禮迎進奉祀。土城仔信眾乃擺設鮮花香案,舉行上山祀儀,虔敬恭迎王船,並集草寮「王宮」以祀,是謂「五王上山」。
民國三年(一九一四),土城地區八角頭長老發起重建神廟。地方信眾自清建鹿耳門聖母廟遺址挖撈古廟建材,於聚落中心(今土城城西街、城北路、安中路交會處)築建廟宇(時為二次重建聖母廟)。
「土城仔香醮」為南瀛五大香之一,從西元1856年〈清咸豐6年〉起,啟巡整個西港仔堡。台灣光復後,「土城仔」區居民每戶出丁出錢暨十方大德輔助廟務建設,也有時應香醮之需自組藝陣的郭岑寮金獅陣、蚵寮角白鶴陣、虎尾寮宋江陣、青草崙蜈蚣陣、砂崙腳八家將及現已失傳土城角牛犁陣、港仔西鼓花陣,都是現忙碌工業社會之文化信仰難得看到的社群凝聚力。而從西元1961〈民國50年〉,鹿耳門聖母廟啟建首科香醮,嗣後每三年一科的「鹿耳門媽香,五府千歲醮」於焉形成。鹿耳門媽神威逾益顯赫,信徒遍佈全臺,更廣及海外。
民國六十四年(一九七五),土城仔居民以原廟無以應香客朝拜之需,乃集資數億籌建新廟。經鹿耳門媽靈示親擇原廟北六百公尺之地為新廟址,親訂廟殿規制與尺寸以行第三次重建聖母廟。
民國七十年(一九八一)農曆十一月初八日落成安座,為明紹承古鹿耳門聖母廟之香煙,乃額新廟曰「正統鹿耳門聖母廟」。今廟凡三落七殿:前落為五王殿,主祀五王與王船;中落為媽祖殿,主祀鹿耳門媽與國姓媽;後落底層為佛祖殿,中層為大士殿、千佛殿,上層為天公殿、元辰殿。神殿兩側以廂房、迴廊相接,四周圍以護濠,東西為香客大樓。廟仿北京紫禁城宮殿式建築,魏峨堂皇,廟地廣闊,因是享有「遠東第一大媽祖廟」之譽。